Herbationes Upsalienses var ett väl uttänkt pedagogiskt system där Linné såg till att hans studenter fick se olika naturtyper under olika delar av säsongen. Om man vandrade alla åtta vandringar i den ordning de beskrivs i avhandlingen Herbationes Upsalienses passerade man samma naturtyper under olika arters blomningstider. Vid Norby lund fann man blommande vitsippor under Herbatio Gottsundensis, som var exkursion nummer ett. När man nått Herbatio Husbyensis, som var den sjunde exkursionen, blommade redan honungsblomster. Den sista exkursionen ledde till Jumkilskärren sent i juni, då kärrväxterna hunnit i blom. Man kan också ana att utflykten till Jumkil blev en festlig avslutning på en termin där gemenskapen frodats genom många långa dagar i fält. Linné var studenternas klara favorit under sin tid som professor.

Bernt Nyberg har illustrerat Herbationes Upsalienses genom ett rutsystem där varje ruta visar en blomma som representerar en vandring. Mittenrutan är en fantasiblomma med åtta kronblad som strålar ut från blommans mitt, precis som vandringarna strålar ut från Linnés hemstad Uppsala. I mittblomman finner man spår av de andra blommorna och även Linnés egen blomma, linnea.

Blommorna i systemet är (från vänster till höger): 
1.Herbatio Gottsundensis. Vätteros Lathraea squamaria (detalj ur blomman). Linné fann vätteros under exkursionen till Gottsunda. Arten växer fortfarande vid Predikstolen. Den parasiterar på hasselns rötter och behöver därför inte producera eget klorofyll.
2.Herbatio Ultunensis. Tall Pinus silvestris. För att komma ut till Ultuna gick Linné igenom Kronoparken på åsen med mäktiga tallar. Några av tallarna där står kvar sedan den tiden.
3.Herbatio Hogensis. Ängshavre Helictotrichon pratense. Detta gräs trivs på kalkrika betade torrängar. Linné fann det under denna exkursion, och den växer ännu på torrbackarna vid Kung Björns hög.
4.Herbatio Danensis. Kungsängslilja Fritillaria meleagris. Sedan det första fyndet 1742 har den här arten spridit sig kraftigt på Kungsängen. Idag blommar ett hundratusental blommor där och även på andra platser i Mälardalen. Kungsängslilja har blivit Upplands landskapsblomma. Artepitetet meleagris betyder ”pärlhönefläckig”.
5.Herbatio Upsaliae antiquae. Backsippa Pulsatilla vulgaris. När Linné och hans studenter besökte Gamla Uppsala högar finns endast en art nedtecknad i protokollet: mosippa Pulsatilla vernalis. Eftersom denna art idag är så sällsynt har vi valt den närbesläktade backsippan som symbol för floran på de gräsbevuxna gravhögarna.
6.Herbatio Waksalensis. Gulsporre Linaria vulgaris. På den långa vandringen längs Vaksalagatan mot Jälla demonstrerade Linné gulsporre som ett exempel på växter som boskapen inte tyckte om att äta. Ännu växer arten i området och påminner oss om att en muterad form av denna, Peloria, ledde till att Linné försökte lansera en egen evolutionsteori på 1740-talet.
7.Herbatio Husbyensis. Strandklo Lycopus europaeus. När studenterna vandrat ut genom Lutbommen på Luthagen följde de Fyrisåns stränder, där de fann strandklo. Idag är Fyrisån utgrävd och stränderna inte så sanka som på 1700-talet. Arten påminner oss om de ofta översvämmade stränderna längs ett Luthagen fullt av tuvor och enbuskar.
8.Herbatio Jumkilensis. Kung Karls Spira Pedicularis sceptrum-carolinum. Denna ståtliga växt var väl värd mödan att ta sig ut ända till Jumkil. Linné hade redan som student intresserat sig för Kung Karls spira, och det var den första blomma han satte namn på.